Daniel Sackheim commence sa carrière au cinéma en 1982 où il oeuvre en tant que second assistant au montage des films The Toy et Annie.

Il se consacre ensuite au début des années 90 à la réalisation et à la production de séries télévisées et débute en 1993 une longue collaboration avec Chris Carter qui se concrétise par la production du pilote de la série X-Files ainsi que la production et la réalisation de certains épisodes. Aux côtés de Chris Carter, il est producteur consultant sur Millenium (dont il réalise un épisode) en 1999 puis il travaille sur Harsh Realm en tant que réalisateur du pilote et producteur executif la même année.

Cette collaboration s'étend même au cinéma où il devient producteur de l'adaptation cinématographique de la série X-files en 1998. Ses talents de réalisateur sont récompensés en 1994 par un Emmy Award pour la série New York Police Blues.

En 2002, avec La Prison de verre, il signe sa première mise en scène pour le grand écran.