Sean Gunn est le plus jeune des six enfants de Leota et James F. Gunn. Ses frères sont le réalisateur James Gunn, l'écrivain Matt Gunn, le scénariste Brian Gunn et le producteur Patrick Gunn. Il a également une grande sœur, Beth. Dès son plus jeune âge, Sean a le virus du cinéma. Enfant, en compagnie de son frère James, il réalise des films courts avec une caméra super 8, avec pour sujet de prédilection les zombies. Après l'obtention de son diplôme de fin d'études secondaires au lycée Jesuit St. Louis University High School, il passe des castings.
Sean trouve son premier rôle en 1996 dans la comédie parodique Tromeo and Juliet co-réalisée par James Gunn. Il poursuit avec des apparitions furtives dans des films comme Stricken, The Auteur Theory et The Specials (écrit par son frère). C'est du côté du petit écran et ses nombreuses séries qu'il trouve ses rôles les plus notables. Il joue dans Angel, Le Monde merveilleux d'Andy et surtout Gilmore Girls (2000 - 2007). Dans cette dernière, il campe un personnage régulier, celui de l'excentrique Kirk Gleason, exerçant une multitude d'emplois.
On le voit ensuite dans les séries October Road, PG Porn ou encore Bunheads. En 2010, son frère l'engage pour prendre part à sa comédie d'action Super. Puis, il le choisit pour intégrer la lucrative saga Marvel via Les Gardiens de la Galaxie (2014). Sean Gunn joue le personnage de Rocket en performance capture (auquel Bradley Cooper prête sa voix). Fort du succès du blockbuster (771 millions de dollars de recettes mondiales), le comédien rempile pour Les Gardiens de la Galaxie 2, Avengers 3 et 4, Thor 4 et Les Gardiens de la Galaxie 3.
Parallèlement, Sean apparaît dans les films The Hive, Un mec ordinaire et The Suicide Squad (que James réalise pour la Warner après son licenciement temporaire de chez Disney), mais aussi les séries Bones, Superstore et Gilmore Girls : Une nouvelle année, où il reprend son personnage de Kirk Gleason.
Laurent Schenck