Né à Johannesburg en Afrique du Sud, Johnny Flynn est le fils du comédien et chanteur britannique Eric Flynn. Passionné de musique, il obtient une bourse d’études pour se former à la musique à la Pilgrims School de Winchester. Il y apprend à jouer du violon et de la trompette. Plus tard, il apprend la guitare en autodidacte et obtient une deuxième bourse d'études musicales, cette fois à la Bedales School, un établissement public situé dans le village de Steep. Il finit par se former à la comédie à la Webber Douglas Academy of Dramatic Art.
C’est en 2005 qu’il fait ses débuts à l’écran (sous le pseudonyme de Joe Flynn) avec un petit rôle dans la série policière anglaise Ash & Scribbs. L’année suivante, il tient le premier rôle du film d’aventure fantastique La grande croisade, où il est un jeune homme projeté en 1212 grâce à une machine à remonter le temps.
Il se consacre ensuite à la musique en sortant avec son groupe de folk rock, Johnny Flynn & The Sussex Wit, dont il est le chanteur et l’auteur, deux premiers albums, A Larum (2008) et Been Listening (2010). Sur ce dernier figure un duo avec Laura Marling, The Water, utilisé par Mia Hansen-Løve dans son film Un amour de jeunesse.
En 2011, il revient à la comédie, cette fois sous son vrai nom, avec le drame Lotus Eaters, puis dans la romance musicale Song One (2014) avec Anne Hathaway. La même année, il est dirigé par Olivier Assayas dans Sils Maria, et se fait connaître du grand public avec la série Lovesick diffusée sur Netflix. Durant trois saisons, il joue un jeune homme contraint de revoir toutes ses ex-petites amies pour leur annoncer qu’il a la Chlamydia, une maladie sexuellement transmissible.
En parallèle de Lovesick, il ne chôme pas et apparaît dans plusieurs séries anglaises (Detectorists, Brotherhood, The Nightmare Worlds of H.G. Wells, Inside No. 9), ainsi que dans le thriller psychologique Jersey Affair (2017), où il est un homme mystérieux soupçonné de meurtres, mais dont le charme fait succomber Jessie Buckley.
Tout en poursuivant sa carrière musicale avec son groupe, il continue de se partager entre le grand et le petit écran. Il joue dans des adaptations de classiques de la littérature (les mini-séries Les Misérables et La foire aux vanités, et Emma. (2020), d’après Jane Austen), et incarne plusieurs figures historiques. Il interprète tour à tour Albert Einstein dans la série Genius, David Bowie dans le biopic Stardust, Ian Fleming dans le film d’espionnage La Ruse, et Nicholas Winton dans Une vie (2023). Dans ce dernier, lui et Anthony Hopkins incarnent à deux âges différents celui qu’on surnomme “le Schindler britannique”, qui a sauvé dans les années 30 plus de 600 enfants promis à une mort certaine dans les camps de concentration.
Émilie Schneider