Pour la première fois dans son histoire cinématographique, Spider-Man, le héros sympa du quartier est démasqué et ne peut désormais plus séparer sa vie normale de ses lourdes responsabilités de super-héros. Quand il demande de l'aide à Doctor Strange, les enjeux deviennent encore plus dangereux...
L'araignée sympa du quartier décide de rejoindre ses meilleurs amis Ned, MJ, et le reste de la bande pour des vacances en Europe. Cependant, le projet de Peter de laisser son costume de super-héros derrière lui pendant quelques semaines est rapidement compromis quand il accepte à contrecoeur d'aider Nick Fury à découvrir le mystère de plusieurs attaques de créatures, qui ravagent le continent !
Le jeune Peter Parker découvre peu à peu sa nouvelle identité, celle de Spider-Man, le super-héros lanceur de toile. Galvanisé par son expérience avec les Avengers, Peter rentre chez lui auprès de sa tante May, sous l’œil attentif de son nouveau mentor, Tony Stark.