Scooby-Doo, Sammy et leurs amis parcourent le Japon à la recherche du fameux Sabre du Destin, une arme magique aux pouvoir extraordinaires. Durant leur voyage, un maître d'armes leur apprend les fondements des arts martiaux, qui leur seront fort utiles pour combattre le terrible Samouraï Noir, également à la recherche du sabre.
Après avoir pris un mauvais avion, Scooby-Doo et Sammy se retrouvent au milieu d'une expédition pour l'Himalaya. Les deux amis sont très vite pris au piège des montagnes et sont sauvés par le professeur Jeffries, qui leur révèle être sur les traces de l'abominable homme des neiges...
Le Pingouin réveille par mégarde le comte Dracula, enfermé dans une crypte de Gotham City depuis des siècles. Le vampire entreprend alors de dominer Gotham City en infectant d'abord les criminels, puis le reste de ses habitants.
En vacances en Égypte, Scooby-Doo et sa bande découvrent le tombeau caché de Cléopâtre. La malédiction interdit d'ouvrir le sarcophage, sous peine de réveiller de terribles créatures. Mais Scooby-Doo ne peut résister à la tentation et libère alors une armée de morts-vivants...