Une nation de plus en plus nombreuse de singes évolués, dirigée par César, est menacée par un groupe d’humains qui a survécu au virus dévastateur qui s'est répandu dix ans plus tôt.
Lorsqu'un tueur s'en prend à l'élite de Gotham par une série de machinations sadiques, une piste d'indices cryptiques envoie Bruce Wayne alias Batman sur une enquête dans la pègre, où il rencontre des personnages tels que Selina Kyle, alias Catwoman, Oswald Cobblepot, alias le Pingouin, Carmine Falcone et Edward Nashton, alias l’Homme-Mystère.
Un colonel humain lance ses troupes contre les singes pour les éradiquer : César tente de sauver les siens et traque le militaire dans les montagnes enneigées.
Un adolescent fragile et marginal fait la rencontre d'une jeune et étrange fille avec qui il se lie d'amitié. Mais bientôt celui-ci va découvrir le secret de son amie...