Durant les derniers mois de la guerre de Sécession, le Major Dundee, commandant nordiste, poursuit des Indiens Apaches qui ont attaqué un poste de cavalerie, massacré ses occupants, et enlevé des enfants. Manquant d’hommes, il prend la tête d’une troupe hétéroclite composée de volontaires et de prisonniers sudistes, dont le chef est son ennemi intime.
Une localité de l’Ouest comme il en existe tant, du moins jusqu’au jour où des jeunes femmes commencent à mourir l’une après l’autre dans des circonstances pour le moins étranges, toutes vidées de leur sang. Si le Dr Carter pressent une origine surnaturelle, il meurt avant d’avoir pu désigner un coupable. Bien décidés à élucider le mystère au moment où le plus grand propriétaire terrien de la région essaie par la violence d’étendre son domaine, le pasteur et le shérif sont inquiétés par l’arrivée en ville d’un énigmatique mercenaire vêtu de noir et fuyant la lumière du soleil.
Éclaireur pour l'armée, Hondo Lane sillonne l'Ouest pour prévenir les conflits entre le gouvernement américain et les Apaches. Il croise sur sa route Angie Lowe, une courageuse mère de famille élevant seule son fils Johnny. Entre la femme et Hondo naît une passion amoureuse. Le valeureux cavalier fera l'impossible pour protéger sa bien-aimée des Indiens.