Hiroshima – 6 Août 1945. La vie suit son cours, comme tous les jours. Un terrible éclair déchire le ciel. Suivi d’un souffle terrifiant. Et l’Enfer se déchaîne. Des corps mutilés et fantomatiques se déplacent parmi les amas de ruines. Au même moment, Yasuko faisait route sur son bateau, vers la maison de son oncle.
Dans le Japon médiéval, Onimaru, jeune vagabond, est adopté par la famille des Yamabe, prêtres chargés d'apaiser la colère de la Montagne de Feu. Mais Onimaru bouleverse les hiérarchies et défie les rites séculaires de la région.
Dans le Japon du XVIe siècle, le seigneur Hidetora Ichimonji décide de se retirer et de partager son domaine entre ses trois fils, Taro, Jiro et Saburo. Mais la répartition de cet héritage va déchirer la famille.
En 1895, une magnifique jeune femme répondant au nom de Seki vit dans un village japonais en pleine montagne. Mariée à un conducteur de pousse-pousse, elle est insatisfaite sexuellement. Lorsqu'elle rencontre un jeune homme revenu du service militaire, elle décide de supprimer son encombrant mari...
Au XVIIème siècle, deux prêtres portugais débarquent sur les côtes japonaises. Leur but est d'infiltrer la communauté chrétienne contrainte à la clandestinité par les autorités féodales, et de réimplanter l'Eglise dans ce pays insulaire isolé...
Dans un quartier perdu, en marge de la civilisation, se trouve un bidonville où survivent tant bien que mal des hommes et des femmes durement éprouvés par l’existence, et dont la vie continue tant bien que mal, rythmée par les onomatopées du tram invisible conduit par le jeune Rokuchan…
La chevelure noire : un samourai est partagé entre deux femmes. Son indecision sera fatale a l'une d'entre elles. Hoichi : un musicien aveugle, qui a offensé l'esprit d'un samouraï, transforme son malheur en bonne fortune. Dans un bol de thé : à chaque fois qu'il consomme un bol de thé, un samouraï voit l'image de l'homme qu'il doit ...
Un homme marche dans le désert. Il observe les insectes, les photographie, les ramasse. S'étant arrêté pour se reposer, il est accosté par trois villageois qui lui proposent de passer la nuit dans leur village...
Japon, 17ème siècle. Le samouraï Tsugumo vient se présenter à la demeure du clan Lyi. Il veut se faire Hara-kiri. Mais le maître des lieux essaie bien de l'en dissuader. Tsugumo livre alors dans un récit les vraies raisons de son geste...