Fils d'une chanteuse et d'un directeur de banque, Stephen Daldry s'intéresse très tôt au théâtre, mais aussi à l'art difficile du clown. Universitaire, il poursuit son apprentissage au Crucible Theatre de Sheffield de 1985 à 1988, avant de se rendre à Londres. S'orientant peu à peu vers la mise en scène, il commence à se faire remarquer, en dirigeant notamment les pièces Damned for despair et An Inspector calls, pour laquelle il est récompensée d'un Tony award en 1992. A 32 ans, Stephen Daldry est nommé directeur artistique du Royal Court Theatre.
Egalement porté vers le cinéma, le metteur en scène est encouragé à faire un premier court-métrage. Intitulé Eight, son petit film sur la journée d'un fan de foot de huit ans, se retrouve nommé aux BAFTA en 1999. Peu de temps après, Stephen Daldry se voit proposer pour son premier long-métrage de donner une nouvelle fois la vedette à un jeune garçon, joué par le prodige Jamie Bell, interprétant un passionné de danse qui devra lutter contre les préjugés de sa famille pour imposer ses choix. Salué internationalement (plus de 40 prix internationaux), Billy Elliot est couronné Meilleur film aux BAFTA en 2001 et son réalisateur cité à l'Oscar.
Revenant entre deux films au théâtre, Stephen Daldry s'associe en 2002 avec le scénariste David Hare (qu'il avait dirigé en 1998 dans le one-man-show Via Dolorosa) pour l'adaptation américaine du roman The Hours, un portrait croisé de trois femmes du XXe siècle, onze fois nominé aux BAFTA, neuf fois aux Oscars et récompensé entre autres par le Golden Globe du Meilleur film dramatique. Après les inoubliables Nicole Kidman, Julianne Moore et Meryl Streep, c'est la touchante Kate Winslet qui joue sous sa direction, dans son troisième long-métrage, The Reader. En collaboration avec son désormais fidèle scénariste, il y dresse le portrait d'un émouvant personnage, une gardienne des camps de concentration lors de la Seconde Guerre mondiale, qui vaut à son interprète l'Oscar de la Meilleure actrice en 2009.
Trois ans plus tard, le cinéaste signe un nouveau drame sobre et émouvant, intitulé Extrêmement fort et incroyablement près, lequel nous plonge dans l'univers mystérieux d'un petit garçon ayant perdu son père dans les attentats du World Trade Center. Revenant à l'un de ses thèmes de prédilection, à savoir le rapport d'un enfant au monde adulte, le réalisateur y dirige notamment le jeune Thomas Horn ainsi que les oscarisés Tom Hanks et Sandra Bullock.