Fils d'une professeure de mathématiques et d'un musicien de jazz et dentiste, Tom Noonan a un frère (qui deviendra dramaturge) et deux sœurs. Fort de sa grande taille, il pratique le basket. Il expliquera plus tard que cette activité sportive l'a poussé à s'intéresser à la comédie ("on apprend beaucoup quand on est devant des gens et qu'il y a une foule et que l'on fait quelque chose que l'on aime faire. Le jeu d'acteur passe par là... C'est comme une lutte à mort devant des gens que l'on espère impressionner.").
Tom apparaît, dans les années 1980, dans des films comme La Porte du paradis, Gloria, Wolfen, Un flic aux trousses, Hold-up en jupons et L'Homme à la chaussure rouge. Doté d'un physique impressionnant, il est choisi pour jouer le terrifiant serial killer Francis Dolarhyde dans le thriller Le Sixième sens de Michael Mann, aux côtés de William Petersen. Suite à cette prestation glaçante, il campe Frankenstein dans la comédie horrifique The Monster Squad et le criminel imprévisible et ultra-violent Cain dans RoboCop 2.
Durant les 90's, Tom Noonan joue le tueur en série dans Last Action Hero et un homme en chaise roulante donnant de précieux renseignements au braqueur campé par Robert De Niro dans Heat. Parallèlement, il effectue quelques apparitions dans les séries Nord et Sud, X-Files et The Beat. En 1994, il passe derrière la caméra et réalise What Happened Was... d'après sa pièce de théâtre, où la conversation de deux personnes qui viennent de se rencontrer révèle petit à petit des aspects cachés de leur personnalité.
Particulièrement actif au cinéma au début des années 2000, on le voit dans The Photographer, Les Opportunistes, The Pledge, Les Hommes de main et Arac Attack, les monstres à huit pattes. Puis, il tend à privilégier les DTV (The Roost, Seraphim Falls, The Alphabet Killer, Synecdoche, New York, The House of the Devil) et surtout les séries : ainsi, Tom Noonan interprète l'inspecteur Victor Huntley dans Damages, le révérend Cole dans Hell on Wheels : L'Enfer de l'ouest ou encore l'homme pâle dans 12 Monkeys.
Le natif de Greenwich effectue aussi quelques apparitions plus furtives dans Blacklist, The Leftovers et Quarry. Enfin, il n'en délaisse pas complètement le cinéma puisqu'il se glisse dans la peau de Walter (Cory Michael Smith) âgé dans le mélodrame de Todd Haynes Le Musée des merveilles (2017).
Laurent Schenck