Trey Parker rencontre Matt Stone à l'école de cinéma de l'Université de Boulder (Colorado). Bien avant de donner naissance à l'iconoclaste série animée South Park, les deux hommes réalisent durant leur cursus plusieurs courts-métrages comiques, parmi lesquels American History et Frosty versus Santa Claus.
En 1994, Trey Parker écrit et réalise -en prise de vues réelles- son premier long-métrage, Cannibal : The Musical ! comédie musicale autofinancée qui s'inspire de la vie du cannibale du Colorado, Alfred Packer. Le film, sur lequel Stone officie comme scénariste et producteur -entre autres-, retient l'attention. Les deux compères, qui se partagent les responsabilités sur chacun de leurs projets, depuis l'écriture et la production jusqu'à l'interprétation, le doublage ou la composition de B.O., réalisent ensuite une courte vidéo, The spirit of Christmas, où apparaissent les héros de South Park, et qui remporte le Los Angeles Film Critics Award du meilleur film d'animation. La série à succès South Park démarre alors, et décroche un succès planétaire, avant d'être adaptée au cinéma dans South Park, le film.
Outre Team America police du monde, satire de la superpuissance américaine interprétée par des marionnettes, et créée encore une fois en binôme, Trey Parker est également l'auteur, le réalisateur et l'interprète principal d'Orgazmo, film présenté au festival de Sundance.