Alors qu'il accompagne son frère à l'audition, Neil Patrick Harris est repéré et choisi pour jouer dans Le Magicien d’Oz, mis en scène par son école. Il participe à d’autres comédies musicales pendant sa scolarité et développe en parallèle une passion pour la magie, qui lui servira par la suite pour certains de ses rôles télévisés. Son premier rôle important date de 1988 dans le film Clara's Heart, un drame avec Whoopi Goldberg qui lui vaut une pré-sélection aux Golden Globes.
L'année suivante, alors qu’il n’a que 16 ans, il décroche le premier rôle dans la série Docteur Doogie de Steven Bochco, dans laquelle il campe un jeune docteur prodigue. Il est propulsé au statut d’idole des adolescents et est de nouveau nommé aux Golden Globes. Il lui faut attendre la fin de la série, après quatre saisons, pour incarner son premier rôle principal en tant qu'adulte, dans le film de science-fiction Animal Room (1995). Il enchainera par la suite nombre de seconds rôles, comme dans Starship Troopers, Un Couple presque parfait, Opération funky , Harold & Kumar Chassent Le Burger et Harold et Kumar s'évadent de Guantanamo.
En 1997, Harris revient à ses premières amours en acceptant le rôle de Mark Cohen, l’un des protagonistes principaux de la comédie musicale Rent, qui met en scène des jeunes artistes de New York luttant contre le sida, et remporte une récompense de la part de la Drama-League, ce qui le fait rester sur scène pendant près d'une année. C’est toujours grâce à son talent de chanteur qu’il fait ses preuves à Broadway, notamment dans Sweeney Todd en 2001 et dans Cabaret en 2003. L’année suivante, il joue le double rôle du Balladeer et de Lee Harvey Oswald dans la comédie musicale Assassins de Stephen Sondheim.
A partir de 2005 Neil Patrick Harris crève le petit écran dans le rôle du "legendary" Barney Stinson, tombeur invétéré de la série How I Met Your Mother, qui depuis six ans accroit sa popularité. En parallèle, il tient le rôle titre d’une comédie musicale exclusivement projetée sur le web, Doctor Horrible's Sing-Along Blog, la série télé la plus téléchargée pendant plus d’un mois. Après s'être essayé à l’exercice du doublage avec les films Tempête de boulettes géantes et Comme chiens et chats - La Revanche de Kitty Galore, le désormais très populaire acteur fait sensation avec son numéro d'ouverture chanté et dansé, lors de la 82eme cérémonie des Oscars. La même année, il prête sa voix à Peter Parker / Spiderman dans le jeu vidéo Spider-Man : Shattered Dimensions, ce qui lui vaudra une récompense aux Video Games Awards de 2010. Sa voix le porte encore plus loin et lui permet d’être invité à participer à l’un des épisodes de la saison 1 du phénomène Glee, dans lequel il chante en duo avec Matthew Morrison "Dream On" d’Aerosmith.
L’année 2011 le projette de nouveau sur les grands écrans puisqu’on le retrouve à l’affiche de Sortilège, un remake de la Belle et la Bête dans lequel il joue un professeur non-voyant, ainsi qu'au générique des Schtroumpfs , dans lequel il tient le rôle principal aux côtés de sa collègue de Glee, Jayma Mays.
Lara Granat