Depuis la disparition de son père, Asuna une jeune écolière, a pris pour habitude de s’isoler dans les collines pour écouter les chants étranges provenant d’un émetteur qu’il lui a légué. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque...
Tous deux élèves de primaire, Takaki et Akari se sont rapprochés grâce à leur amour commun de la lecture. Mais un jour, la jeune fille déménage... Faute de mieux, les deux amis commencent donc à s'échanger des lettres...
Après la Seconde Guerre mondiale, le Japon se retrouve divisé et occupé par deux forces rivales. Trois amis décident de rejoindre la zone ennemie afin de percer le mystère d'une tour énigmatique. Mais l'un deux disparaît.