Dans le Japon médiéval, Onimaru, jeune vagabond, est adopté par la famille des Yamabe, prêtres chargés d'apaiser la colère de la Montagne de Feu. Mais Onimaru bouleverse les hiérarchies et défie les rites séculaires de la région.
Trois generations vivent sous le meme toit dans une banlieue nouvelle de Tokyo. Tatsu et Ryosaku, leur fils Yoshio, sa femme Ritsuko et enfin leurs deux enfants, Takao et Nakao. Un matin on retrouve la grand-mere morte assassinee. L'enquete est menee par le vieil inspecteur Tagami assiste d'un jeune collegue. Ryosaku affirme a la police que sa belle-fille est coupable du meurtre de sa belle-mere puis il revient sur sa declaration et se denonce. "Depuis longtemps j'avais envie de faire un film sur le vieillissement qui n'interesse pas seulement le Japon."
Aki se rend compte qu'elle est observée par un homme muni d'une caméra. Shôko perd l'usage de la parole. Quant à Makiko, elle retourne dans son pays natal. Chacune d'elle est accompagnée d'un confident, qui est aussi un contradicteur.
Juste avant d'embrasser une carrière universitaire, Kawamura passe ses dernières vacances en Europe. À Lisbonne, il fait la rencontre de Naoko, importatrice de meubles et d'objets d'art. Kawamura est obsédé par un croquis qu'il a vu à Nagasaki plusieurs années auparavant. Il est de fait venu jusqu'en Europe pour voir de ses propres yeux la cathédrale que ce croquis représentait. Naoko, elle, a perdu ses parents lors du bombardement de Nagasaki, et mène depuis une vie d'apatride, après avoir volontairement tout oublié du Japon.