Né d'un père soudeur et d'une mère boulangère, Henry Czerny se passionne très tôt pour la comédie et intègre ainsi la prestigieuse Ecole nationale de théâtre de Montréal. Après avoir obtenu son diplôme en 1982, il se produit sur scène dans diverses pièces comprenant aussi des comédies musicales. Parallèlement, il passe des castings. Après quelques apparitions dans des séries comme Rintintin junior et le téléfilm The Sound and the Silence, il trouve son premier rôle sur grand écran dans la comédie Buried on Sunday (1992).
En 1994, Henry Czerny joue le cynique conseiller de la CIA Robert Ritter dans Danger immédiat, porté par Harrison Ford dans la peau de Jack Ryan. Toujours côté cinéma et parallèlement à ses nombreuses prestations scéniques et télévisuelles, le Canadien poursuit avec When Night Is Falling et surtout Mission : Impossible. Dans ce film d'action lucratif signé Brian De Palma, il campe Eugène Kittridge, le patron de l'IMF lancé aux trousses de Tom Cruise. Puis, il prend part à Ice Storm, qui dépeint la vie de familles bourgeoises en 1973.
Durant les années 2000, on peut le voir dans des films aussi différents que L'Oeil du tueur (2000), The Limit (2003), Klepto (id.), The Circle (2005), L'Exorcisme d'Emily Rose (id.), Chaos (id.) ou encore La Panthère Rose (2006), où il joue, là encore, le méchant. A la télévision, il se glisse dans la peau de Thomas Howard, troisième duc de Norfolk, dans la série à succès Les Tudors.
En 2011, Henry Czerny est choisi pour incarner l'un des personnages réguliers de la série Revenge (qui dure jusqu'en 2015). Il s’agit de Conrad Grayson, un homme de pouvoir sans scrupules responsable de l'emprisonnement du père de l'héroïne. Il prend aussi part à deux autres séries à succès : Quantico et Sharp Objects. Toujours dans les années 2010, il est à l'affiche des films L'Agence tous risques, Remember, The Other Half et Wedding Nightmare, montrant une fois de plus à quel point l'horreur est l'un de ses genres de prédilection.
En 2021, Henry Czerny reprend son personnage d'Eugene Kittridge pour les besoins de Mission : Impossible 7 et Mission : Impossible 8, toujours aux côtés de l'infatigable Tom Cruise dans le rôle d'Ethan Hunt. Il s'adonne aussi au métier de doubleur dans Charlotte et Blade Runner - Black Lotus.
Laurent Schenck