Après des études de réalisation au Collège de Cinéma et de Télévision de Téhéran, Jafar Panahi réalise plusieurs courts et moyens métrages pour la télévision de son pays. En 1992, il met en scène le téléfilm L'Ami, puis est engagé comme assistant d'Abbas Kiarostami sur Au travers des oliviers.
En 1995, d'après un scénario de son ami Kiarostami, il réalise son premier long-métrage, Le Ballon blanc, qui remporte la Caméra d'Or à Cannes la même année. Il signe ensuite Le Miroir, un documentaire "cinéma-vérité" dans lequel il retrouve l'actrice Aida Mohammadkhani pour la deuxième fois, après Le Ballon blanc. Le film remporte le Léopard d'or au Festival de Locarno 1997. Trois ans plus tard, le cinéaste décroche le Lion d'or à Venise pour Le Cercle (2000).
En 2003, Jafar Panahi met en scène son quatrième long métrage Sang et or, qui raconte le drame d'un modeste livreur de pizzas mettant la main sur un sac de billets. Trois ans après sort Hors jeu, dans lequel des femmes tentent d'assister à un match en dépit de leur interdiction de stade. Les multiples dénonciations que Panahi organise contre le régime iranien lui valent d'être considéré comme subversif.
En 2010, le cinéaste, accusé de propagande contre la République Islamiste, est incarcéré. Invité à faire partie du jury officiel à Cannes, il est retenu par les autorités iraniennes à la prison d'Evin. Une chaise vide à son nom est installée symboliquement à côté du jury tout au long du festival. Après avoir été placé en liberté surveillée en attendant un verdict, Panahi réalise avec l'aide du cinéaste Mojtaba Mirtahmasb Ceci n’est pas un film (2011), sorte de dispositif filmique où il s'interroge sur la condition actuelle du cinéma iranien.