Fabrice Eboué est très vite attiré par la scène. Après s’être produit dans divers cafés-théâtres et cabarets parisiens, il joue en 2000 ses premiers spectacles : Alleluia ! et Envers et contre tout !. Il fait déjà preuve à l’époque d’un humour particulièrement mordant et décapant. Repéré par Jamel Debbouze, il se lance dans l’aventure du Jamel Comedy Club dont le principe est de mettre en lumière des jeunes espoirs du stand-up. L’émission, diffusée sur Canal + entre 2006 et 2008, lui permet de se faire connaître du grand public.
Le show lui ouvre les portes de la télévision et lui offre l'opportunité d’apparaître dans l’émission de Marc-Olivier Fogiel, T'empêches tout le monde de dormir, où il ne se gêne pas pour provoquer les invités par son humour grinçant. En 2008, Fabrice Eboué rejoint Laurent Ruquier et sa bande de chroniqueurs sur Europe 1 dans On va s'gêner.
L’année d’après est diffusée sur le petit écran la série Inside Jamel Comedy Club, un docu-fiction qui raconte les coulisses de la tournée imaginaire de la troupe de comiques lancée par le Jamel Comedy Club. Parallèlement, après avoir joué dans des courts-métrages (Léthé, Le Fond du trou) et prêté sa voix au film d’animation Le Chihuahua de Beverly Hills, il fait ses premiers pas au cinéma dans le déjanté Fatal, de et avec Michaël Youn.
En 2011, Eboué signe les dialogues de la série United Colors of Jean-Luc, au générique de laquelle figure d’ailleurs Vincent Desagnat, complice de toujours de Michaël Youn. Mais cette année marque surtout un tournant puisqu’il co-dirige et co-écrit Case départ, avec son comparse Thomas Ngijol rencontré au Jamel Comedy Club. Cette satire sur le racisme au temps de l'esclavage rencontre un grand succès au box-office puisqu'elle réalise environ 1.8 million d'entrées dans les salles françaises.
Les deux compères se retrouvent en 2014 pour tourner la comédie Le Crocodile du Botswanga, où Thomas Ngijol incarne le dictateur d'un pays francophone imaginaire qui passe un marché avec l'agent (Fabrice Eboué) d'un jeune prodige du football (Ibrahim Koma) pour que le joueur signe pour l’équipe nationale : les Crocodiles du Botswanga… La même année, Fabrice tourne sous la direction de Ngijol dans Fastlife.
Trois ans plus tard, Eboué met en scène CoExister, une comédie racontant l'histoire d'un imam, d'un rabbin et d'un curé qui se retrouvent à chanter ensemble, devenant de véritables stars. Pourtant, ces religieux sont loins d'être des saints... Après une apprition savoureuse dans Tout simplement noir, le natif de Maisons-Alfort met en scène son quatrième long métrage, Barbaque, une comédie sanglante (interdite aux moions de 12 ans !) suivant un couple de bouchers (Eboué et Marina Foïs) s'attaquant à des vegans...