Nous sommes en 2020. Les humains ne peuvent désormais plus se passer du réseau dans leur vie quotidienne. Mais ils ignorent que, de l'autre côté, existe le Monde Digital, un royaume entre ombre et lumière. Ils ne connaissent pas non plus l'existence des Digimon qui y vivent.
Shôko, une lycéenne, décide de partir à la recherche de sa soeur. C'est aussi le moment que choisit la déesse de la discorde, Eris, pour s'emparer de l'enveloppe charnelle de Shôko.