Au Japon, à l'ère Tokugawa, de jeunes samouraïs décidés à en finir avec la corruption se font piéger par l'inspecteur Kikui, malgré les avertissements du chambellan Mutsuta. Ils vont être sauvés par un personnage sorti de l'ombre, Sanjuro...
Au large des côtes japonaises, plusieurs navires disparaissent mystérieusement. Alertées, les autorités dépêchent une expédition scientifique qui recueille les témoignages de pêcheurs terrorisés. Tous assurent avoir vu un monstre remonté du fond des mers.
Japon, 1600. Jeune homme fruste rejeté par les siens, Takezo rêve de devenir samouraï pour recueillir gloire et honneurs. Avec son ami Matahachi, il part au combat mais se retrouve rapidement du côté des vaincus. Contraints de fuir, les deux hommes trouvent refuge chez la veuve Oko et sa fille Akemi. Alors que Matahachi décide de rester auprès d’elles, abandonnant par là sa promise Otsu, Takezo retourne seul au village où il sera très mal accueilli...