Après des études de cinéma à Amsterdam et la réalisation de quelques courts-métrages et documentaires, Jan de Bont se spécialise dans la photographie. Le Hollandais entame une riche carrière de chef opérateur, devenant à partir de 1971 l'un des collaborateurs privilégiés de son compatriote Paul Verhoeven (sur La Chair et le sang et Basic instinct notamment). Il travaille également sur des films comme Le Diamant du Nil, Black rain, A la poursuite d'Octobre rouge mais surtout Piège de cristal, qui lui apporte la reconnaissance internationale.

Jan de Bont termine sa carrière de chef opérateur en 1992 en collaborant sur L' Arme fatale 3. Deux ans plus tard, il fait ses débuts en tant que réalisateur avec le film d'action Speed, gros succès public porté par Keanu Reeves. En 1996, il signe Twister, film catastrophe à nouveau plébiscité par les audiences internationales. Suivent Speed 2 : Cap sur le danger un an après, puis le film d'horreur Hantise, remake de La Maison du diable de Robert Wise.

Egalement producteur (ses propres films Speed 2 : Cap sur le danger et Hantise, mais également Minority report et Equilibrium), Jan de Bont réalise en 2003 Lara Croft Tomb Raider le berceau de la vie, second volet des aventures de l'aventurière sexy incarnée par Angelina Jolie.