Franz Jägerstätter, paysan autrichien, refuse de se battre aux côtés des nazis. Reconnu coupable de trahison par le régime hitlérien, il est passible de la peine capitale. Mais porté par sa foi inébranlable et son amour pour sa femme, Fani, et ses enfants, Franz reste un homme libre.
1945. Le chaos se répand en Allemagne et les armées du III ème Reich commencent à se déliter. Des escadrons de soldats ivres multiplient les exécutions sommaires, sans différencier déserteurs et fantassins ayant perdu leur unité. Pour survivre, un jeune déserteur allemand, Willi Herold, va usurper l’identité d’un capitaine, entraînant dans sa fuite avec lui des soldats pour une mystérieuse «mission spéciale».
Allemagne 1958 : un jeune procureur découvre des pièces essentielles permettant l’ouverture d’un procès contre d’anciens SS ayant servi à Auschwitz. Mais il doit faire face à de nombreuses hostilités dans cette Allemagne d’après-guerre. Déterminé, il fera tout pour que les allemands ne fuient pas leur passé.
Après plus de 14 années comme membre de la CIA, Ben Logan décide de prendre un nouveau départ et de renouer des liens avec sa fille Amy âgée de 15 ans et qu’il connaît à peine. Il accepte alors un travail d’expert en sécurité en Belgique pour une corporation multinationale.
Dans la France occupée de 1940, Shosanna assiste à l'exécution de sa famille tombée entre les mains d'un colonel nazi. Au même moment, le lieutenant Raine forme un groupe de soldats juifs américains pour mener des actions punitives contre les nazis.