L'histoire d'un jeune étudiant en droit allemand découvrant, au lendemain de la Deuxième Guerre mondiale, que son amour de jeunesse aurait été impliqué dans les crimes nazis.
Le jeune Krabat travaille dans un moulin aux côtés de 11 apprentis. Mais un jour il se rend compte que d'étranges phénomènes arrivent et que les apprentis sont formés à la magie noire...