À Tokyo, le reporter américain Jake Adelstein, âgé de 24 ans, intègre le service police et justice du « Yomiuri Shimbun », le plus grand quotidien japonais. Alors qu’il collabore avec la police locale, il est contacté par la mafia. Il devient un interlocuteur des yakusas tout en continuant d’être un informateur de la police. Mais cette position ambivalente n’est pas sans danger.
XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme.
Dans le Japon médiéval, la jeune Ichi, aveugle de naissance, gagne sa vie en jouant de la musique. Également experte en arts martiaux, la jeune femme est à la recherche de son père, qui lui a appris à manier le sabre. Le jour où elle sauve la vie d'un samouraï, ce dernier lui avoue avoir connu ses parents...