Après les évènements qui impliquent la disparition de Steve Rogers/Captain America, l'Agent Peggy Carter se retrouve enrôlée dans les prémices du S.H.I.E.L.D et s'octroie la mission de retrouver le "Zodiac" malgré les ordres de son chef sexiste qui ne lui donne que des tâches administratives.
A l’issue du combat final de "Avengers", certaines armes de technologie extra-terrestres ont été abandonnées dans les rues. Le S.H.I.E.L.D les a toutes récupérées… mais une manque à l’appel : un puissant équipement chitauri baptisé "Article 47" !