Après une peine de cœur, le jeune Raphaël décide de se suicider, c'est alors qu'il rencontre un étrange vieillard qui lui offre un objet bien mystérieux : une peau de chagrin. Celle-ci permettrait de réaliser tous les vœux.
Après la guerre civile espagnole et sous le régime franquiste, Fando, un garçon d’une dizaine d’années, cherche à comprendre pourquoi son père a disparu. Il ne tarde pas à découvrir que c’est sa mère, pieuse catholique, qui a dénoncé son mari antifasciste. Perturbé par ces révélations, Fando va enquêter pour savoir ce qu’est devenu son père. Dans un pays cadenassé par la censure et les interdits religieux, Fando, partagé entre haine et amour pour sa mère et l’espoir de retrouver son père vivant, va enfanter autant de délire sexuels que morbides…