Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu’un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l’occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.
Alors que la chute du Shogun plonge le pays dans le chaos, un assassin au service du gouvernement trahi par sa hiérarchie fomente une insurrection. Armé de son sabre à lame inversée, Kenshin prend part au combat que livrent les forces de police pour empêcher le despote de brûler Kyoto.
A l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon.
Avant de devenir protecteur, Kenshin était un redoutable assassin nommé Battosaï. Après sa rencontre avec l'affable Tomoe Yukishiro, tout commence à changer pour lui.
Voulant mourir dignement, un samouraï sans ressources, Hanshiro, demande à commettre un suicide rituel dans la résidence du clan Ii, dont l'intendant est Kageyu, un guerrier forte tête.