Nikos Nikolaïdis est né en 1939 à Athènes, une ville ou il aura vécu et travaillé tout au long de sa vie. C'est notamment dans cette ville qu'il suit des études en cinéma. Il ne réalise son premier long-métrage qu'en 1975, Evridiki B.A. 2037.

Il acquiert une notoriété internationale pour ses chroniques subversives d'une jeunesse marginale et paumée : Les Misérables chantent encore (1979) et Tendre gang (1983).

Ses récits formalistes sur la perversion et la domination sexuelle (Singapore Sling en 1990, Les Années zéro en 2005) connaissent en revanche un succès moindre.

Nikos Nikolaïdis meurt le 5 septembre 2007, à Athènes, d'une infection pulmonaire.