Des astronomes détectent une transmission émanant d’une autre galaxie, preuve de l’existence d’une vie extra-terrestre intelligente. Quelques jours plus tard, l’humanité est détruite ; seule survit une poignée d’êtres humains qui comprendra bientôt les mystères cachés derrière cette invasion...
Les Men In Black ont toujours protégé la Terre de la vermine de l’univers. Dans cette nouvelle aventure, ils s’attaquent à la menace la plus importante qu’ils aient rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l’organisation Men In Black.