L'amiral Kirk et son "Enterprise" servent désormais de vaisseau d'entraînement pour les élèves pilotes. Envoyé avec M. Spok en mission de routine, il croise la route de son vieil ennemi Khan.
Une entité d'origine extra-terrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le Capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux Amiral Kirk, absent des commandes du ...
Alors que Mr. Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'Enterprise escorte le chancelier Gordon jusqu'au centre de conférence ou il doit signer un accord de paix avec l'empire des Klingons, leur vaiseau est attaque et le chancelier abattu. Chang, general des Klingons, accuse Kirk qu'il envoie en compagnie du docteur McCoy sur l'astre de glace ...