New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens. Alors que l’avenir semble sans espoir, quatre frères en marge de la société sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Tortues Ninja.
Au cours d’une colonie de vacances, une bande d’adolescents décide de se venger de leur moniteur Cropsy, particulièrement sadique avec eux. Mais la farce tourne mal et Cropsy est sévèrement brûlé. Cinq ans plus tard, sa soif de vengeance reste intacte.