Alors que la chute du Shogun plonge le pays dans le chaos, un assassin au service du gouvernement trahi par sa hiérarchie fomente une insurrection. Armé de son sabre à lame inversée, Kenshin prend part au combat que livrent les forces de police pour empêcher le despote de brûler Kyoto.
Titre original Rurôni Kenshin: Densetsu no Saigo-hen
À la tête d’une armée de mercenaires, le redoutable Shishio est prêt à tout pour renverser le nouveau gouvernement. Kenshin part alors en quête de son ancien maître pour parfaire son apprentissage et tenter de mettre fin au déchainement de violence qui s’est emparé du pays.
Dans tout le Japon, les enfants disparaissent tandis que des hordes de monstres s’attaquent aux populations. Ces créatures maléfiques sont manipulées par Kato, un démon en guerre contre les humains.