En Angleterre, à la fin du XVIIe siècle, le roi Jacques se débarrasse de son ennemi, le Lord Clancharlie, et vend son jeune fils, Gwynplaine, aux trafiquants d'enfants qui le défigurent. Le garçon s'enfuit et sauve du froid un bébé aveugle, Dea. Tous les deux sont recueillis par Ursus, un forain.
A travers l'image d'une femme berçant un enfant, quatre épisodes de l'intolérance sont racontés dans une fresque monumentale. Un épisode moderne sur un gréviste condamné à la pendaison. Un épisode biblique lors d'une noce à Cana. Un épisode des guerres de religion au temps de Charles IX. Un épisode chaldeen. Dans tous l'intolérance ...
La guerre de Sécession. Deux familles éprouvées : les Stoneman (favorables au Nord) et les Cameron (sudistes). Le retour de la paix ne calme pas les esprits. Lincoln est assasiné. Les troubles naissent des politiciens véreux et des Noirs livrés à eux-mêmes. Par réaction se crée le Ku Klux Klan justicier et vengeur.