Depuis des années, Heather Mason et son père n’ont jamais cessé de fuir, échappant à chaque fois de justesse aux mystérieuses forces qui les pourchassent. La veille de ses 18 ans, en proie à de terrifiants cauchemars, Heather doit faire face à la disparition de son père.
Ex-criminelle devenue agent secret au sein d'une organisation mystérieuse, Nikita se retourne contre ses employeurs, quand ceux-ci font assassiner son bien-aimé. Sa mission dès lors : détruire cette Division qui transforme des jeunes désorientés en machine à tuer pour servir d’obscurs desseins.