New York City a sombré dans les ténèbres depuis que Shredder et son cruel clan des Foot ont la mainmise sur la ville, des forces de police aux politiciens. Alors que l’avenir semble sans espoir, quatre frères en marge de la société sortent des entrailles de la ville pour accomplir leur destin de Tortues Ninja.
Devenu un producteur hollywoodien très apprécié, Chili Palmer s'intéresse au monde de l'industrie musicale. Malheureusement, il se retrouve aux prises avec des mafiosi russes, des producteurs rivaux, des gangstas allumés et des inspecteurs de police.