Les jumeaux Zack et Cody sont approchés par un scientifique qui leur propose de participer au "Projet Gemo". Mais à l'issue du projet, les deux frères se rendent compte qu'ils partagent désormais les mêmes pensées, les mêmes sentiments et les mêmes sensations.
Après avoir joué les diables à l'hôtel Tipton, Zack et Cody embarquent sur le SS Tipton un luxueux bateau de croisière dirigée par Mr Moseby. De nouvelles aventures et de nouvelles romances les attendent en pleine mer.
Pour impressionner sa petite amie Vanessa et à la suite d'un quiproquo, Sonny, célibataire endurci, fait croire qu'il est le père naturel de Julian, un jeune garcon de cinq ans qu'il adopte.