Été 1983. Elio Perlman, 17 ans, passe ses vacances dans la villa du XVIIe siècle que possède sa famille en Italie, à jouer de la musique classique, à lire et à flirter avec son amie Marzia. Son père, éminent professeur spécialiste de la culture gréco-romaine, et sa mère, traductrice, lui ont donné une excellente éducation, et il est proche de ses parents.
Rio de Janeiro, 1950. Euridice, 18 ans, et Guida, 20 ans, sont deux soeurs inséparables. Elles vivent chez leurs parents et rêvent, l’une d’une carrière de pianiste, l’autre du grand amour. A cause de leur père, les deux soeurs vont devoir construire leurs vies l’une sans l’autre.
C’est la fin de l’été à São Paulo. Leonardo, 15 ans, est aveugle. Il aimerait être plus indépendant, étudier à l’étranger, mais aussi tomber amoureux. Un jour, Gabriel, un nouvel élève, débarque dans sa classe.
1951. En manque d’inspiration, la poétesse Elizabeth Bishop quitte New York pour retrouver une ancienne camarade d’université émigrée au Brésil. Là, elle fait la connaissance de l’impétueuse architecte Lota de Soares.
A la veille du carnaval de Rio, Eurydice arrive de la campagne pour y retrouver sa cousine Sérafina. Elle fait la rencontre d'Orphée, conducteur de tramway et artiste adulé par le peuple pour ses qualités de danseur et de guitariste...
Mystères de Lisbonne nous entraîne dans un tourbillon permanent d’aventures et de mésaventures, de coïncidences et de révélations, de sentiments et de passions violentes, de vengeances, d’amours contrariées et illégitimes dans un voyage mouvementé.
À sa sortie d’un centre de détention pour mineurs, Wellington se retrouve seul et à la dérive dans les rues de São Paulo, sans nouvelles de ses parents et sans ressources pour commencer une nouvelle vie. Il fait la rencontre de Ronaldo, un homme mûr qui lui enseigne de nouvelles façons de survivre. Peu à peu, leur relation se transforme en passion conflictuelle.
Une vieille dame au fort tempérament, sa femme de ménage Cap-Verdienne et sa voisine dévouée à de bonnes causes partagent le même étage d’un immeuble à Lisbonne. Lorsque la première meurt, les deux autres prennent connaissance d’un épisode de son passé...