Dans cette superbe épopée musicale en stop-motion, le cinéaste primé aux Oscars Guillermo del Toro revisite le conte de la célèbre marionnette en bois qui prend vie.
Edmundo et Lucia de Nobile, un couple bourgeois de Mexico, donnent une réception dans leur luxueuse demeure. Mais au moment de partir, une étrange réaction interdit aux invités de quitter les lieux.
Laura retourne dans la maison où elle a passé son enfance, et décide d'en faire un orphelinat. Peu de temps après, son fils, Simon, se fait un ami imaginaire...