Dans la forêt de FernGully, Crysta, une petite fée, apprend la magie et la protection de la nature. Un jour, elle assiste impuissante au massacre des arbres par des bûcherons mais, grâce à ses pouvoirs, elle sauve un jeune ouvrier : Zak. Aux côtés de Crysta et de son peuple, Zak va alors découvrir les merveilles de FernGully.
Le film suit Soren, une chouette fascinée par les histoires épiques que lui racontait son père sur les Gardiens de Ga'Hoole, une bande de guerriers ailés qui avait mené une grande bataille pour sauver la communauté des chouettes des Sangs Purs...
Alithea Binnie, bien que satisfaite par sa vie, porte un regard sceptique sur le monde. Un jour, elle rencontre un génie qui lui propose d’exaucer trois vœux en échange de sa liberté. Mais Alithea est bien trop érudite pour ignorer que, dans les contes, les histoires de vœux se terminent mal.