Zatoichi devient l'hôte d'un patron de yakuzas. En échange de ce service, le brigand lui demande d'assister à une exécution. Mais les hommes ne parviennent pas à tuer la victime, et c'est Zatoichi qui s'en charge...
Au cours d'une mission, le Samouraï Samanosuke perd un bras et un œil. Quelques années plus tard, devenu un vagabond et ayant changé d'identité, il trouve une mystérieuse jarre qui suscite bien des convoitises...
Suite à une promesse passée à une mourante, Zatoichi se rend dans un village pour y rencontrer un artiste-peintre, victime des malversations d'un homme politique local.
Dans le Japon du XVIIe siècle. Le samouraï Iemitsu déteste son fils aîné Takechiyo. Il reporte toute son affection sur son plus jeune fils Tokumatsu. Un jour, Takechiyo, à l'aide d'une puissante armée, décide de se retourner contre son père...
Grave est un rônin à la recherche d'une mystérieuse tombe qui renfermerait la déesse de la destruction. Sa possession du sarcophage deviendra la convoitise de tous et le met face à plusieurs difficultés.
Un shogun interdit la pratique du christianisme, et les fidèles se révoltent. L'armée les massacre et décapite les leaders, dont Shiro. Ce dernier, pourtant décapité, ressuscite d'entre les morts pour se venger ainsi que les autres fidèles assassinés.
Sauvés in extremis des attaques de Boiled par le docteur Easter, Rune et Oeufcoque sont emmenés directement au «Paradis». Derrière ce nom se cache un centre de haute technologie renfermant les savoirs interdits du Mardock Scramble 09, les seuls à même de sauver Oeufcoque qui se trouve à l'agonie. Bien que bouleversée par l'état de son ami, Rune va devoir se concentrer sur sa prochaine mission : pirater le casino surprotégé de Shell, l'homme qui l'avait laissée pour morte.
Jérusalem, en l’an 1273. C’est là que Bedivere, le chevalier errant, et Chaldea découvriront la sixième singularité. Le peuple de ces terres mortes a été chassé de son foyer, alors que trois puissances s’y affrontent. Qu’adviendra-t-il de Bedivere, qui a porté le fardeau d’un péché impardonnable pendant si longtemps ?
Zatoichi s'immisce dans une partie de jeux et subtilise des sous à un groupe de malfrats. Ceux-ci viennent provoquer Zatoichi. Hélas au cours de l'affrontement une fillette est blessée. Zatoichi s'engage à payer l'opération de celle-ci.
Un convoi de prisonniers doit être encadré afin d'éviter tout dérapage. C'est à Samuraï Wolf que l'on confie cette mission, mission périlleuse durant laquelle il va devoir combattre de nombreux assaillants.
Le terrible combat qui a opposé Dialga et Palkia à la ville d'Alamos a eu de graves répercussions sur le Monde Inversé, ce qui a entraîné la colère de Giratina, le maître de ces lieux. Celui-ci souhaite désormais se venger et semble vouloir s'en prendre également à Shaymin, un curieux Pokémon aux pouvoirs étonnants.