L'astronaute Earl Jensen va s'envoler pour une mission dans l'espace dirigée par le Dr Frubar, laissant derrière lui sa petite fille de cinq ans, Josie. Le lancement est un succès, mais le Dr Frubar a d'autres projets en tête. Faisant croire à un incident, il abandonne Earl dans l'espace et fait accuser Josie qui a été témoin de son geste.
Le gratte-ciel Ziggurat abrite les élites de Metropolis. Le détective Shunsaku Ban enquête sur un trafic d'organes humains et rencontre le docteur Laughton. Celui-ci a créé Tima, une merveilleuse androïde destinée à trôner au sommet de Ziggurat.
Middlesex, Iowa, 1988. Donnie Darko est un adolescent de seize ans pas comme les autres. Introverti et émotionnellement perturbé, il entretient une amitié avec un certain Frank, un lapin géant que lui seul peut voir et entendre...