Umi est une jeune lycéenne qui vit dans une vieille bâtisse perchée au sommet d’une colline surplombant le port de Yokohama. Chaque matin, depuis que son père a disparu en mer, elle hisse face à la baie deux pavillons, comme un message lancé à l’horizon. Au lycée, quelqu’un a même écrit un article sur cet émouvant signal dans le journal du campus. C’est peut-être l’intrépide Shun, le séduisant jeune homme qu’Umi n’a pas manqué de remarquer. Attirés l’un par l’autre, les deux jeunes gens vont partager de plus en plus d’activités, de la sauvegarde du vieux foyer jusqu’à la rédaction du journal. Pourtant, leur relation va prendre un tour inattendu avec la découverte d’un secret qui entoure leur naissance et semble les lier…
Depuis la disparition de son père, Asuna une jeune écolière, a pris pour habitude de s’isoler dans les collines pour écouter les chants étranges provenant d’un émetteur qu’il lui a légué. Sur la route menant à son refuge secret, elle est attaquée par un monstre gigantesque...
Momo, une fillette de onze ans, quitte Tokyo pour s’installer avec sa mère sur une petite île où le temps semble s’être arrêté. Cependant, des phénomènes surprenants commencent à se produire...
Voulant mourir dignement, un samouraï sans ressources, Hanshiro, demande à commettre un suicide rituel dans la résidence du clan Ii, dont l'intendant est Kageyu, un guerrier forte tête.