Dans le Japon féodal, alors que les guerres civiles font rage, les généraux Washizu et Miki rentrent victorieux chez leur seigneur Tsuzuki. Ils traversent une mystérieuse forêt où ils rencontrent un esprit qui leur annonce leur destinée...
Au large des côtes japonaises, plusieurs navires disparaissent mystérieusement. Alertées, les autorités dépêchent une expédition scientifique qui recueille les témoignages de pêcheurs terrorisés. Tous assurent avoir vu un monstre remonté du fond des mers.
Un paysan vient s’abriter d’une pluie torrentielle sous une vieille porte délabrée où se sèchent déjà un bûcheron et un prêtre. Ces derniers semblent ne rien comprendre à une affaire à laquelle ils ont été mêlés bien malgré eux. Un samouraï aurait été assassiné et sa femme violée ; quatre témoins du drame, dont le prêtre et le bûcheron, vont donner leurs versions des faits, toutes contradictoires…
Août 1957, Hiroshima. Dans la pénombre d'une chambre, un couple nu, enlacé. Elle, une jeune actrice francaise d'une trentaine d'années venue pour jouer dans un film sur la paix. Lui, un architecte japonais. C'est l'histoire de leur impossible amour.
Dans les bas-fonds d’Edo, à l’écart du reste de la ville, se tient une auberge miteuse tenue par l’avare Rokubei et sa femme. Dans cette véritable cour des miracles vivent entre autres un acteur raté, un ancien samouraï, une prostituée et un voleur.