Abandonné par ses parents, et élevé par son oncle, Peter Parker a tout du lycéen timide, jusqu'à ce qu'il devienne Spider-Man. Il va alors utiliser ses nouveaux pouvoirs pour lever le voile sur les projets secrets du Dr. Connors, et peut-être découvrir la vérité sur son père...
Alex le lion, Marty le zèbre, Gloria l'hippopotame et Melman la girafe cherchent toujours désespérément à rentrer chez eux ! Évidemment, King Julian, Maurice et les pingouins les suivent dans leurs péripéties…