Dans cette superbe épopée musicale en stop-motion, le cinéaste primé aux Oscars Guillermo del Toro revisite le conte de la célèbre marionnette en bois qui prend vie.
Lambert, le regard fatigué et l'oeil rougi par l'alcool, traine sa solitude dans un garage parisien. Il est pompiste de nuit. Bensoussan, jeune dealer, fuit la police et se réfugie dans la station. Ils deviennent amis. Un jour, Bensoussan est assassiné...
En 1984, une mère chrétienne pousse son fils à se déclarer juif pour le sauver de la famine et de la mort. L'enfant arrive en Terre Sainte. Déclaré orphelin, il est adopté par une famille française sépharade vivant à Tel-Aviv...
Devenu fou, Mabuse, le célèbre criminel, est interné dans un hôpital psychiatrique. Grâce à l’hypnose, il tient en son pouvoir Baum, le directeur de l’asile. Ainsi, il parvient à remettre sur pied une inquiétante bande de malfaiteurs, qui sera confrontée au commissaire Lohmann...
Le chirurgien Genessier souhaite remodeler le visage de sa fille Christiane, rendue méconnaissable suite à un accident de voiture, mais pour cela il doit effectuer des greffes de peau qu'il aura prélevée sur des jeunes filles.
Pour venger la mort de son fils, tué par un chauffard, un homme se lance sur la piste du coupable. Il parvient bientôt à retrouver sa trace et devient un intime de sa famille. L'homme se révèle un être abject haï de tous.
Instituteur à la pension Muche, Topaze, minable répétiteur incapable de tricher sur les notes de riches cancres, est licencié. Réduit au chômage, il donne des leçons particulières au neveu de Suzy Courtois, une demi-mondaine… Il va alors prendre conscience de la vanité de sa mission éducative et devenir une fripouille cynique…
Merab s’entraîne depuis son plus jeune âge dans le cadre de l’Ensemble National Géorgien avec sa partenaire de danse, Mary. Son monde est brusquement bouleversé lorsque le charismatique Irakli arrive et devient son plus fort rival et son plus grand désir.