Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu’un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l’occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.
Loid est un espion. Yor, une tueuse à gages. Ensemble, ils mènent une double vie en jouant le rôle du père et de la mère d'une famille parfaite. Ce qu'ils ignorent, c'est que leur fille adoptive, Anya, connaît leurs secrets grâce à son don de télépathie. Un beau jour d'hiver, Loid se sert de sa couverture pour partir en week-end avec sa famille et prendre part en parallèle à une mission liée à l'opération Strix. Malheureusement, Anya se retrouve mêlée par erreur à cette dernière et devient l'élément déclencheur d'un conflit qui menace la paix dans le monde !
Cette nouvelle aventure du célèbre détective se déroule en mer, près de l'île de Hachijô, Tokyo. Conan reçoit un appel de Subaru Okiya l’informant qu’une employée d’Europol a été assassinée en Allemagne par Gin, de l’Organisation des Hommes en Noir.
Ce nouveau film contiendra les épisodes 10 et 11 de l’arc Le Quartier des plaisirs, dont les scènes d’action endiablées et le scénario déchirant avaient été salués, ainsi que le premier épisode du prochain arc, Le Village des forgerons. À cette occasion, les épisodes ont été convertis en 4K et la musique a été remixée pour profiter d’une expérience unique sur grand écran !