Fils d’un prêtre respecté, Yu intègre un groupe de pervers professionnels afin de vivre dans le péché. Malgré une vie de débauche, le jeune homme ne désespère pas de trouver l’âme soeur.
Les pilotes de Makinami parviennent à vaincre le Troisième Ange. Asuka Langley-Shikinami et EVA-02 battent quant à eux le Septième Ange tandis que le Huitième Ange surgit et attaque le QG des Nerv. EVA-3 est battu par le Neuvième Ange pendant les essais, et Shinji tente de le neutraliser, mais apprend qu'Asuka est à bord. Gendo passe en pilage automatique et se met à attaquer EVA-03.
Traumatisé par le Second Impact, le Quatrième Ange attaque Tokyo III et le destin de l'humanité est désormais entre les mains de l'agence spéciale Nerv. Le jeune Shinji Ikari est contraint de piloter EVA-01. Ce dernier, accompagné du pilote Rei Ayanami, aux commandes de l'EVA-00, sont chargés de se battre, mais EVA-01 est endommagé par le Sixième Ange. Misato Katsuragi met au point un plan pour transférer toute l'électricité du Japon dans le canon positron d'EVA-01 afin de vaincre l'Ange.
Au Japon, au 19e siècle, Zatoichi, voyageur aveugle mais aussi redoutable combattant, découvre une petite ville où Ginzo, le chef d'un gang, fait régner la terreur. Quand ses hommes de main croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable...
Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse : ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer.