Les pilotes de Makinami parviennent à vaincre le Troisième Ange. Asuka Langley-Shikinami et EVA-02 battent quant à eux le Septième Ange tandis que le Huitième Ange surgit et attaque le QG des Nerv. EVA-3 est battu par le Neuvième Ange pendant les essais, et Shinji tente de le neutraliser, mais apprend qu'Asuka est à bord. Gendo passe en pilage automatique et se met à attaquer EVA-03.
En juillet 1988, une mystérieuse explosion détruit Tokyo, déclenchant la troisième guerre mondiale. 31 ans plus tard, en 2019, Néo Tokyo, la mégalopole construite sur la baie de Tokyo a retrouvé sa prospérité d’antan et se prépare à l’évènement majeur des Jeux olympiques de 2020. Dans l'ombre, les choses sont moins réjouissantes, le chômage augmente et les actions des dissidents se multiplient...
Dans un Japon futuriste régi par l'Internet, le major Motoko Kusunagi, une femme cyborg ultra-perfectionnée, est hantée par des interrogations ontologiques. Elle appartient, malgré elle, à une cyber-police musclée dotée de moyens quasi-illimités pour lutter contre le crime informatique.
Le Japon se remet à grand peine de la Seconde Guerre mondiale qu’un péril gigantesque émerge au large de Tokyo. Koichi, un kamikaze déserteur traumatisé par sa première confrontation avec Godzilla, voit là l’occasion de racheter sa conduite pendant la guerre.
Les examens finaux sont enfin terminés, et les élèves de Yuei se préparent pour le camp d’été. Izuku et All Might reçoivent une invitation d’une certaine personne pour partir à l’étranger dans une immense ville ambulante appelée « I-Island ».
Une énorme tempête de feu a dévasté la moitié des villes du monde, affaiblissant les hommes et donnant naissance à des mutants capables de manier le feu, les Burnish. 30 ans plus tard, un groupe de mutants terroristes, appelés les Mad Burnish, menacent de détruire de nouveau la Terre.
Traumatisé par le Second Impact, le Quatrième Ange attaque Tokyo III et le destin de l'humanité est désormais entre les mains de l'agence spéciale Nerv. Le jeune Shinji Ikari est contraint de piloter EVA-01. Ce dernier, accompagné du pilote Rei Ayanami, aux commandes de l'EVA-00, sont chargés de se battre, mais EVA-01 est endommagé par le Sixième Ange. Misato Katsuragi met au point un plan pour transférer toute l'électricité du Japon dans le canon positron d'EVA-01 afin de vaincre l'Ange.
L’humanité a réussi à atteindre une quasi-immortalité. Mais à force de manipulations génétiques, elle a perdu la faculté de procréer, et décline inexorablement. En mission pour percer les secrets de la reproduction, Parton est envoyé dans la ville souterraine.