Ayant échappé au contrôle de ses créateurs, un virus décime la quasi-totalité de la population mondiale et transforme les rares survivants en mutants assoiffés de sang. Robert Neville, le dernier Homme sur Terre, organise sa survie à New York...
Traumatisé par le Second Impact, le Quatrième Ange attaque Tokyo III et le destin de l'humanité est désormais entre les mains de l'agence spéciale Nerv. Le jeune Shinji Ikari est contraint de piloter EVA-01. Ce dernier, accompagné du pilote Rei Ayanami, aux commandes de l'EVA-00, sont chargés de se battre, mais EVA-01 est endommagé par le Sixième Ange. Misato Katsuragi met au point un plan pour transférer toute l'électricité du Japon dans le canon positron d'EVA-01 afin de vaincre l'Ange.
6 semaines après l'épidémie qui a ravagé la Grande-Bretagne, les Forces Spéciales américaines débarquent en Angleterre pour aider les survivants, veiller au retour de l'ordre et à la renaissance de Londres. C'est alors que le virus refait surface...
Une équipe d'astronautes est envoyée dans l'espace avec pour mission de savoir ce qu'il est advenu de leurs prédécesseurs partis en expédition pour "rallumer" le soleil en passe de s'éteindre.