Middlesex, Iowa, 1988. Donnie Darko est un adolescent de seize ans pas comme les autres. Introverti et émotionnellement perturbé, il entretient une amitié avec un certain Frank, un lapin géant que lui seul peut voir et entendre...
Le gratte-ciel Ziggurat abrite les élites de Metropolis. Le détective Shunsaku Ban enquête sur un trafic d'organes humains et rencontre le docteur Laughton. Celui-ci a créé Tima, une merveilleuse androïde destinée à trôner au sommet de Ziggurat.