Jeune lycéen, Hodaka fuit son île pour rejoindre Tokyo. Sans argent ni emploi, il tente de survivre dans la jungle urbaine et trouve un poste dans une revue dédiée au paranormal. Un phénomène météorologique extrême touche alors le Japon, exposé à de constantes pluies. Hodaka est dépêché pour enquêter sur l'existence de prêtresses du temps. Peu convaincu par cette légende, il change soudainement d'avis lorsqu'il croise la jeune Hina...
Après la guerre, Violet, une ancienne femme-soldat, intègre un pensionnat de jeunes filles et change à jamais le cours de l'existence de l'une d'entre elles...
Quand des pingouins apparaissent partout dans sa petite ville, semant au passage une joyeuse pagaille, le jeune Aoyama se dit qu’il y a là une enquête à mener. Ce studieux élève de CM1, accompagné de son meilleur ami, enrôle également sa rivale aux échecs et une énigmatique assistante dentaire pour percer le secret des pingouins.